Каждый поддомен выступает как самостоятельный сайт - следовательно его можно привязать к другому региону и оптимизировать под выдачу другого региона.
То есть, Вам нужно будет добавить поддомен как самостоятельный сайт в вэбмастер и привязать его к нужному региону.
Тем самым, с помощью поддоменов, вы можете присвоить дополнительный регион не добавляя сайт в Яндекс Каталог". Так как без "Яндекс Каталога" сайт может иметь только 1 регион.
Также, желательно, чтобы текста на главных страницах поддоменов отличались, чтобы яндекс точно не "склеил" поддомены.